Le terroir de Pauillac a été façonné par l’homme depuis des millénaires, en particulier sa façade fluviale. Le territoire de l’actuelle commune est formé de l’union de deux anciennes paroisses, Saint-Martin de Pauillac et Saint Lambert de Rignac dont les seigneuries respectives étaient Lafite et Latour. Les vins en provenance de ces deux paroisses ont toujours fait partie de l’élite de la production médocaine, du moyen-âge jusqu’à nos jours, vins de seigneurs comme vins de paroisse.
Cette dichotomie se rencontre aussi pour la nature des sols de Pauillac. Au sud de la croupe qui supporte la ville, le terroir se compose de graves glaciaires, ou pyrénéennes, épandues par le fleuve à deux époques différentes du Mindel. Au nord, seules subsistent les graves du Mindel I, les plus anciennes et les plus élevées, alors qu’au sud subsiste des haricots de graves du Mindel II jalonnant la Rivière. Au Würm, le fleuve ayant creusé son lit au plus près du rivage actuel, les dépôts de graves postérieurs (Riss) ont été emportés tandis que l’érosion a sculpté le relief.
Son action a été amplifiée par un affaissement (synclinal) qui a transformé la façade fluviale de Pauillac en cuvette, vidangée par le Marais de Pibran. Moins affectés par ce creusement, les arrières de Pauillac sont demeurés en plateaux.
La nature de l’assise géologique du terroir des deux premiers Crus Classés historiques de Pauillac, Latour et Lafite-Rothschild, est donc bien différente, graves du Mindel II pour Latour et graves du Mindel I pour Lafite-Rothschild. Dans cet ensemble, la partie nord du terroir de Château Fonbadet est mitoyenne de Château Mouton Rothschild, la partie centrale proche de Pauillac jouxte Château Lynch Bages, et la partie sud a pour voisins Château Latour et Château Pichon Baron de Longueville.
